Microcefalie is een medische aandoening waarbij de omtrek van het hoofd kleiner is dan normaal omdat de hersenen zich niet goed hebben ontwikkeld of niet meer groeien. Microcefalie kan bij de geboorte aanwezig zijn of kan zich in de eerste levensjaren ontwikkelen. Het wordt meestal veroorzaakt door genetische afwijkingen die de groei van de hersenschors tijdens de eerste maanden van de ontwikkeling van de foetus verstoren. Baby's kunnen ook met microcefalie worden geboren als hun moeder tijdens de zwangerschap drugs of alcohol heeft misbruikt; besmet raakte met een cytomegalovirus, rubella (Duitse mazelen), varicella (waterpokken) -virus of mogelijk het Zika-virus; werd blootgesteld aan bepaalde giftige chemicaliën; of had onbehandelde fenylketonurie (PKU, een schadelijke opeenhoping van het aminozuur fenylalanine in het bloed). Microcefalie wordt geassocieerd met het syndroom van Down, chromosomale syndromen,

Bij viraal geïnduceerd hersenletsel, zoals bij het Zika-virus, is er vaak wijdverspreide weefsel- en celdood die leidt tot hersenkrimp in plaats van simpelweg een verminderde groei. Het Zika-virus wordt in ongeveer een derde van de gevallen ook geassocieerd met retinale laesies, wat vaak leidt tot blindheid.

Afhankelijk van de ernst van het begeleidende syndroom kunnen kinderen met microcefalie een verminderde cognitieve ontwikkeling, vertraagde motorische functies en spraak, gezichtsvervormingen, dwerggroei of kleine gestalte, hyperactiviteit, toevallen, problemen met coördinatie en evenwicht en andere hersen- of neurologische afwijkingen hebben.